Le Togo a officiellement lancé son Plan national de surveillance génomique, une initiative stratégique mise en œuvre avec l’appui de l’Africa Centres for Disease Control and Prevention (AfricaCDC), du Bureau pays de l’Organisation mondiale de la santé (OMS Togo) et d’un collectif de partenaires techniques et financiers. Centré sur l’approche UneSeuleSanté, ce dispositif inédit vise à renforcer la détection précoce et le suivi à long terme des agents pathogènes émergents à l’interface entre santé humaine, animale et environnementale.
La surveillance génomique est devenue un pilier incontournable de la gestion des risques sanitaires, car elle permet d’identifier avec précision des pathogènes, de suivre en temps réel l’évolution des épidémies et d’analyser les interactions entre hôtes et agents infectieux . Conçu dans la continuité des projets déjà menés au Togo depuis 2022 sur la résistance aux antimicrobiens, le nouveau plan poursuit trois objectifs prioritaires :
1. Mettre en place un réseau national de séquençage accessible sur l’ensemble du territoire
2. Intégrer les données issues de la santé humaine, animale et environnementale pour détecter des menaces zoonotiques avant leur diffusion à grande échelle
3. Produire des données opérationnelles pour guider les politiques de préparation et de réponse aux urgences sanitaires
Contrairement à des systèmes de surveillance traditionnels qui ne ciblent que la santé humaine, ce plan inclut explicitement les menaces sur les élevages, les cultures, la pêche et les écosystèmes, des secteurs particulièrement vulnérables au Togo face aux changements climatiques et à la mondialisation des échanges .
L’approche Une Seule Santé, qui intègre les compétences des ministères de la Santé, de l’Agriculture, de l’Environnement et des autorités portuaires, est la colonne vertébrale du dispositif togolais . Cette coordination est indispensable : près de 60% des épidémies humaines émergentes sont d’origine zoonotique, et la plupart des systèmes de surveillance classiques ne monitorent qu’une infime partie des pathogènes circulant chez les animaux .
Plusieurs programmes antérieurs au Togo avaient déjà posé les bases de cette intégration : le projet One Health Togo, lancé en 2022 avec un financement de 450 000 euros, avait pour objectif de mesurer et prévenir la transmission de bactéries multirésistantes entre milieux humains et animaux . Le nouveau plan de surveillance génomique vient renforcer et pérenniser ces acquis, en ajoutant la dimension de séquençage à haut débit sur l’ensemble du territoire .
Apports opérationnels et perspectives à long terme
La baisse continue du coût du séquençage et l’accessibilité croissante d’outils de séquençage de terrain permettent aujourd’hui de déployer ce type de dispositif dans des contextes à ressources limitées, là où il était réservé il y a quelques années à des centres de référence internationaux . Pour le Togo, ce plan permettra notamment de :
– Détecter des variants de virus émergents en quelques jours, au lieu de plusieurs semaines auparavant
– Suivre l’évolution de la résistance aux antimicrobiens, l’une des principales causes de mortalité évitable dans le monde
– Renforcer l’autonomie du pays en matière de préparation aux pandémies, en réduisant sa dépendance vis-à-vis de laboratoires étrangers pour l’analyse des échantillons
Ce dispositif s’inscrit dans une dynamique régionale portée par l’AfricaCDC, qui accompagne plusieurs pays africains dans l’élaboration de stratégies de surveillance génomique intégrées à l’approche Une Seule Santé .
